Nel dopoguerra Gianluigi cedette la casa editrice alla ex moglie Tea Bertasi dalla quale si era separato e continuò a collaborare con autore indipendente. La nuova direttrice stabilì la nuova sede nella propria residenza ed esordì facendo ristampare opere già edite per poi proseguire con il lancio di nuove avventure. Il figlio Sergio iniziò in questa occasione a lavorare alla redazione come fattorino e magazziniere. Già nei primi anni arrivarono prestigiosi autori e disegnatori a collaborare con la casa editrice come Franco Baglioni, Guido Zamperoni, Gino Cossio, Paolo Piffarerio, Mario Uggeri e lo stesso Gianluigi Bonelli. Quest'ultimo, insieme al disegnatore Aurelio Galleppini diede vita anche al personaggio di Tex Willer.

Nel 1957 Sergio (diventato nel frattempo sceneggiatore con lo pseudonimo di Guido Nolitta), prende il posto della madre nella casa editrice assumendone la direzione. Negli anni successivi Tex Willer ebbe un successo crescente, affiancato negli anni da personaggi come Zagor, Mister No, Ken Parker. Tra gli anni '80 e i '90 grazie alla Sergio Bonelli editore, uscirono altri grandi fumetti come Dylan Dog, Martin Mystere, Nathan Never.

Oltre alla pubblicazione di fumetti, la Sergio Bonelli Editore ha anche organizzato numerose mostre ed eventi dedicati al mondo del fumetto, come la Fiera del Fumetto di Milano e nel 2019 ha dato vita alla Bonelli Entertaiment, con cui propone trasposizioni cinematografiche e televisive che mirano a sviluppare un vero e proprio universo narrativo, il Bonelli Cinematic Universe.